Markus Wasserle ist seit 2003 geschäftsführender Gesellschafter der Wasserle GmbH, einem mittelständischen Gebäudereinigungsunternehmen mit mittlerweile 300 Mitarbeitern. Vor der Gründung des eigenen Unternehmens war Wasserle als Objektleiter und geschäftsführender Gesellschafter in verschiedenen Unternehmen in Süddeutschland tätig.
Neben dem Gebäudereinigungsunternehmen führt Wasserle als geschäftsführender Gesellschafter die Kletterei GmbH, eine Klettersportanlage mit mittlerweile 50 Mitarbeitern, deren Gründung und Neubau er 2016 verantwortete. Markus Wasserle engagiert sich politisch und gesellschaftlich, ist u. A. seit 2007 Vorsitzender des Vereins für Berufsorientierung Deutschland e.V. und seit 2020 Kreishandwerksmeister in Landsberg am Lech.